Gjurmët shqiptare në manastir janë mbuluar me propagandë prosllave, që i shtrin pretendimet mbi çdo manastir ortodoks brenda territorit shqiptar.
Pak e dinë se edhe pikturat me të cilat është zbukuruar ky manastir, flasin shqip. Deri në vitin 1944 administrohej nga priftërinj shqiptarë dhe mesha bëhej shqip.
Sot gjurmët e shqiptarisë janë zbehur. Ndryshe nga bregdeti shqiptar ku serbë e maqedonas blejnë prona, në fshatrat përreth manastirit askush nuk u shet shtëpi shqiptarëve. Për ta blerë një të tillë duhet të dorëzosh në komunë një sërë dokumentesh.
‘Të tjerët e kanë tjetërsuar. Bullgarët, grekët, sllavomaqedonasit, serbët, dhe ma së paku hise në Shën Naum kanë pasur shqiptarët. Ideja është shqiptare, por tjetërsimi dhe sendërtimi i idesë të ndërtimit të një identiteti, të tjerët e kanë bo duke shkelur mbi identitetin e shqiptarëve. Dhe Shën Naumi është kjo: shkelje e identitetit, si të doni edhe fetar, por që ka të bëjë me shqiptarët dhe ma së paku shqiptarët kanë qasje në këtë tjetërsim që është ba’ u shpreh Prof. Dr. Kaliopi Naska, historiane
Materialet arkivore tregojnë se shteti shqiptar ka bërë një betejë të gjatë për të dokumentuar pranë ndërkombëtarëve, përkatësinë shqiptare të këtij manastiri. Duke dëshmuar që nga dokumentet e kohës së vilajeteve, ku i paguante taksat, apo nga cilat institucione kishte varësi.
‘Deri më 1912 manastiri i Shën Naumit është menaxhuar nga manastiri i Durrësit, dhe janë bërë shumë investime monetare dhe me priftërinj, por më pas me politikat e shtetit serbo kroato slloven për ta shtrëguar për ta sjellë më vetë i hoqën edhe priftërinjtë.’ u shpreh Prof. Dr. Kaliopi Naska, historiane
Konfereca e ambasadorëve me disa vendime radhazi dhe më vonë gjykata e Hagës, ia njohu këtë territor Shqipërisë.